まず、Movable Typeテンプレートにリンクを設定します。
実際のテンプレートファイルにリンクする、カスタマイズ用のファイルを設定します。Movable Typeの管理画面から設定できます。

これで、Dreamweaverから変更したテンプレートが、再構築の度にウェブログに反映されるようになります。
たとえば、メインページのテンプレート(index.html)をカスタマイズしたい場合には、「このテンプレートにリンクするファイル」にindex.tpl.htmlと入力し、リンクを設定しておきます。Dreamweaverからはこのindex.tpl.htmlを開いて編集します。
index.htmlを直接編集することはありません。index.htmlは、再構築の際にMovable Typeによって自動的に作られるからです。